Совет молодых учёных Российской академии наук был создан в 2009 году. Он является постоянным действующим молодёжным органом при Президиуме Российской академии наук и представляет собой собрание молодых ученых, представителей отделений (по отраслям наук - по количеству секций отделения), представителей региональных отделений РАН, представителей от региональных научных центров РАН, а также представителя от Профсоюза работников РАН. Молодыми учеными считаются аспиранты, докторанты, а также научные сотрудники, имеющие степень кандидата наук, не старше 35 лет, и научные сотрудники, имеющие степень доктора наук, не старше 40 лет.
История создания Совета включает несколько этапов.
В 2009 г. на общественных началах была сформирована рабочая группа по созданию совета молодых ученых РАН, от каждого Отделения РАН в нее вошел один человек. Рабочая группа начала свою деятельность с согласования плана работ с Комиссией РАН по работе с молодежью, возглавляемой вице-президентом РАН академиком В.В. Козловым. В план работ входили различные мероприятия по выявлению информации об основных проблемах молодых ученых, состоянии дел в Институтах РАН, работе советов молодых ученых в Институтах РАН и многое другое. Рабочей группой был подготовлен Проект положения о совете молодых ученых РАН.
В ноябре 2009 г. в Звенигороде прошел I Съезд молодых ученых центрального региона Российской академии наук. В съезде приняли участие представители большинства институтов РАН (по центральной части) – 172 молодых ученых, а также представители Сибирского, Уральского и Дальневосточного Отделений. Целью Съезда стало возрождение деятельности советов молодых ученых Российской академии наук, повышение активности молодых ученых в научных организациях РАН, привлечение молодых ученых к организационной и общественной работе в структурах РАН. Одной из основных задач съезда было формирование постоянно действующего Совета молодых ученых РАН, координирующего и объединяющего деятельность советов молодых ученых Институтов РАН. В рамках Съезда прошли выборы в состав Совета молодых ученых РАН и утверждение Положения о Совете молодых ученых Российской академии наук.
Утвержденный в 2009 году Совет, который возглавила к.б.н. Вера Мысина, успешно проработал 3 года. Ежегодно на Общем собрании молодых ученых РАН Совет отчитывался о проделанной работе, утверждал новые направления деятельности, согласовывал наиболее спорные вопросы. Благодаря деятельности Совета была запущена жилищная программа РАН, выделены средства на обеспечение тысячи ставок для молодых ученых в соответствии с поручениями Президента РФ, налажена работа по популяризации науки в обществе, организации конференций, выставок, встреч научной молодежи разных стран и др.
В ноябре 2012 г. состоялось Общее собрание Совета молодых ученых, на котором был избран действующий состав Совета молодых ученых.